Місто виникло на межі XV—XVI ст. на правому березі річки Самара, недалеко від її впадіння до Дніпра. Вперше — під назвою Самар — було позначене на мапі, створеній у 1526 картографом Бернардом Ваповським. У 1688 в його межах була збудована Богородицька фортеця. На початку XVIII ст. вихідці з міста заснували вище за течією Самари новий населений пункт, який отримав назву Нова Самар, а за «давнішим» поселенням відтак закріпилася назва Стара Самар.